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Extensive treatment of model and MCMC updating steps.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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PANGO lineage classifications of the sampled sequences.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Comparison of MCMC and p(MC 3 ) with and without the neighbour-joining tree initialization step.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Type of errors in the estimated transmission tree.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Analysis of simulated outbreaks with fixed model parameters in the MCMC runs, while varying the number of introductions and coalescent rate in the history host.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Analysis of simulated outbreaks with similar parameter values as the SARS-CoV-2 outbreak in mink farms.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Analysis of simulated outbreaks with similar parameter values as the SARS-CoV-2 outbreak in mink farms, with only 50 base pairs of the genome under mutation.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Maximum parent credibility transmission tree with with-host phylogenetic trees for SARS-CoV-2 outbreak in mink farms.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Maximum parent credibility phylogenetic tree for SARS-CoV-2 outbreak in mink farms.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023

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Histogram of number of introductions for the mink farms.

Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
2023