Se ha investigado la problemática ambiental generada por el manejo inadecuado de mercurio proveniente de actividades mineras en la amazonia, especialmente las realizadas en forma artesanal en la zona del Bajo Napo. El propósito, fue identificar la presencia de mercurio en pescado, agua y sedimentos presentes en río Napo. La investigación es cuantitativa, diseño no experimental-transversal. El área de estudio fue el rio Napo-Loreto, siendo escogida para su monitoreo cuatro estaciones durante la época de estiaje: Mazan, Nuevo Libertad, San Luis, Santa Clotilde. La cuantificación de mercurio se realizó mediante espectrofotometría de absorción atómica con generador de hidruros. Los análisis reportaron que el contenido de mercurio en peces se encuentra entre 0.004-1.936 mg/kg y en aguas entre 0.023-0.027 mg/L, sin embargo en peces de las especies Lisa y Sábalo, sobrepasaron la concentración máxima permitida de 1.0 mg/kg de mercurio según la FDA. Además el contenido de mercurio encontrado en agua supera a lo establecido en los Estándares Nacionales-MINAM (0.0001 mg/L de Hg). Inclusive superando lo reportado por DIGESA en Octubre-2003 y Noviembre-2010, cuyo reporte es 0.00002 mg/L de Hg, valores obtenidos de Santa Clotilde, San Luis y Mazan, en la cuenca del rio Napo. En sedimentos se encontró que el 93.75% de muestras fueron mayores a 1.0 mg/kg de mercurio. Por lo que se confirma presencia importante de mercurio en el río Napo, niveles que exceden los Estándares Nacionales de Calidad Ambiental.