Las Aflatoxinas son metabolitos secundarios de origen fúngico, que causan efectos tóxicos en animales y en el hombre cuando son incorporadas por vía oral. La aflatoxina B1 puede causar daño hepático, inmunosupresión, deficiencia reproductiva y reducir la producción de leche; al ser ingerida por los animales a través de concentrados o granos contaminados con la aflatoxina. La aflatoxina M1 es el metabolito hidroxilado de aflatoxina B1 acumulada en el hígado del animal, el cual es excretado a través de la orina y la leche. Por tal razón se desarrolló este estudio buscando analizar y comparar los efectos de dos procesos térmicos, termización (62 – 68°C / 30 seg); y ultra pasterización (138 – 142°C / 15 seg). Para determinar los niveles de aflatoxina M1 presentes en las fincas lecheras, se evaluaron 40 hatos de la sabana de Bogotá de diferentes volúmenes de leche y tipos de alimentación, utilizando la prueba de Charm SL Aflatoxina se observó que la concentración de aflatoxina M1 oscilaba entre 0 a 319 ppt en leche cruda, diferente a los datos arrojados en la prueba por el proceso de termización donde la concentración fue de 195, 205 y 260 ppt y en UHT de 89, 115 y 160 ppt, en tres periodos, siendo todos menores a la norma ICONTEC. Igualmente se encontraron diferencias altamente significativas en relación a la leche cruda frente a los dos tratamientos térmicos, y se observó que la leche tratada térmicamente con ultra pasterización reduce la presencia de aflatoxina M1 comparada con la leche cruda y la leche termizada.