Una parte importante de los mecanismos que afectan la distribución de las especies está relacionada con las condiciones ambientales. Dentro de un canal de corriente la acumulación de sustratos como hojas, raíces, piedras, grava y arena crean hábitats que actúan como fuente de refugio y alimento para las diferentes espécies de las comunidades acuáticas, propiciando o no su establecimiento. Basado en este hecho, se estudió la estructura de las comunidades de insectos acuáticos en hábitats orgánicos e inorgánicos dentro de corrientes del bioma Cerrado. Se analizaron las diferencias en la riqueza de géneros (i), la abundancia individual (ii) y la composición de géneros (iii). Asimismo (iv) se verificó si existen bioindicadores específicos de hábitats orgánicos o inorgánicos. Se muestrearon substratos orgánicos (basura) e inorgánicos (arena y grava) en cinco estaciones de tres arroyos, recolectando individuos de los órdenes Ephemeroptera, Plecoptera, Trichoptera, Odonata y Heteroptera (EPTOH). Se encontró que la composición de las comunidades difiere entre hábitats, ya que el substrato orgánico presenta mayor riqueza y abundancia, congéneros exclusivos (seis). Esta diferencia puede ser debida a la fuente de refugio y alimentación proporcionada por los substratos orgánicos.