El objetivo de este trabajo fue determinar la prevalencia de los hemotrópicos Anaplasma marginale, Babesia spp. y Trypanosoma spp. y las interacciones ambientales y genéticas en vacas en ordeño del Sistema Doble Propósito en el municipio Arauca, Colombia. Se tomó muestra sanguínea de la vena coccígea media a 333 bovinos hembras, de diferentes edades, localizadas en 18 fincas ganaderas y se tomó como criterio de inclusión solo las hembras que estaban en ordeño en cada finca. El muestreo se realizó por conveniencia en época de verano y de invierno. Las muestras fueron analizadas utilizando las técnicas de Wright y Hemacolor®. Los grupos raciales fueron: Cebú (n=157), Criolla (n=14), Criolla x Cebú (n=32), Mestiza (n=64), Pardo x Cebú(n=22), Puro Tauro (n=23), Simental x Cebú (n=16) y Holstein x Cebú (n=5). Mediante tablas de contingencia se determinó la cantidad porcentual de animales positivos a hemotrópicos. Los datos se procesaron en Infostat. El 72,22% de las fincas fueron positivas para A. marginale; 66,66% para Trypanosoma spp. y el 16,66% para Babesia spp. La prevalencia general fue de 43,54%, el hemotrópico más frecuente fue A. marginale, (24,92%), seguido de Trypanosoma spp, (14,41%) y Babesia spp. (4,2%). No se identificaron infecciones mixtas. Se observó asociación significativa (P=0,0001) de las fincas con los tres hemotrópicos; A. marginal fue dependiente del grupo racial (P=0,0046), Babesia spp. y A. marginale presentaron dependencia de época del año (P0,05). Se concluye que en la región de sabana inundable araucana la mayor prevalencia de hemotrópicos estuvo asociada por A. marginale y Trypanosoma spp. animales con predominio taurus son más susceptibles que los criollos y las interacciones están supeditadas al manejo general, programa sanitario, época y localización agroecológica de los predios ganaderos.