Whole genome sequence data of Chromobacterium violaceum WCH4, a human pathogenic strain from Sabah, Malaysia ... : بيانات تسلسل الجينوم الكامل لكروموباكتيريوم فيولاسيوم WCH4، وهي سلالة مسببة للأمراض البشرية من صباح، ماليزيا ...

Chromobacterium violaceum is a gram-negative, facultative anaerobic bacillus which is commonly found in soil. It can cause mild diarrhoea upon infection but can progress, although rarely, to fatal multi-organ failure and death. Here we report the whole genome sequence data of Chromobacterium violaceum WCH4 strain, a pathogenic strain that was obtained from a 78 year old male patient suffering from an eye infection. This is a rare case of human infection of the bacteria. Blood culture report as well as 16S rRNA confirmed the presence of C. violaceum WCH4. DNA sequencing using the Illumina HiSeq... Mehr ...

Verfasser: Vijay Kumar Subbiah
Zulina Mazlan
Nur Nashyiroh Mastor
Majedul Hoque
Dokumenttyp: article-journal
Erscheinungsdatum: 2021
Verlag/Hrsg.: OpenAlex
Schlagwörter: Microbial Pigments and Their Applications / Biotechnology / Biochemistry / Genetics and Molecular Biology / Life Sciences / Herbal Medicine for Neurological Disorders / Complementary and alternative medicine / Medicine / Health Sciences / Chromobacterium violaceum / Whole genome sequencing / Biology / Gene / Genome / GC-content / Ribosomal RNA / Microbiology / FOS: Biological sciences / Genetics / 16S ribosomal RNA / Transfer RNA / Virulence / RNA / Quorum sensing
Sprache: Englisch
Permalink: https://search.fid-benelux.de/Record/base-29232799
Datenquelle: BASE; Originalkatalog
Powered By: BASE
Link(s) : https://dx.doi.org/10.60692/6xsxc-22x08

Chromobacterium violaceum is a gram-negative, facultative anaerobic bacillus which is commonly found in soil. It can cause mild diarrhoea upon infection but can progress, although rarely, to fatal multi-organ failure and death. Here we report the whole genome sequence data of Chromobacterium violaceum WCH4 strain, a pathogenic strain that was obtained from a 78 year old male patient suffering from an eye infection. This is a rare case of human infection of the bacteria. Blood culture report as well as 16S rRNA confirmed the presence of C. violaceum WCH4. DNA sequencing using the Illumina HiSeq 4000 system revealed a genome size of 4,637,406 bp with a GC-content of 64.89%. We identified 4,572 protein coding sequences (CDS), 78 transfer RNA (tRNA) genes, and 3 ribosomal RNA (rRNA) genes. The CDS included 1,261 hypothetical proteins and 3,311 proteins with functional assignments. We also identified seven putative genes involved in efflux pump and conferring multidrug antibiotic resistance. The genome data has ... : Chromobacterium violaceum هي عصية لاهوائية اختيارية سلبية الغرام توجد عادة في التربة. يمكن أن يسبب الإسهال الخفيف عند العدوى ولكن يمكن أن يتطور، على الرغم من أنه نادرًا، إلى فشل مميت متعدد الأعضاء والوفاة. هنا نبلغ عن بيانات تسلسل الجينوم الكامل لسلالة Chromobacterium violaceum WCH4، وهي سلالة مسببة للأمراض تم الحصول عليها من مريض ذكر يبلغ من العمر 78 عامًا يعاني من عدوى في العين. هذه حالة نادرة من العدوى البشرية للبكتيريا. أكد تقرير مزرعة الدم بالإضافة إلى 16S rRNA وجود C. violaceum WCH4. كشف تسلسل الحمض النووي باستخدام نظام Illumina HiSeq 4000 عن حجم جينوم يبلغ 4,637,406 نقطة أساس مع محتوى GC بنسبة 64.89 ٪. حددنا 4572 تسلسلًا لترميز البروتين (CDS)، و 78 جينًا لنقل الحمض النووي الريبي (tRNA)، و 3 جينات من الحمض النووي الريبي الريبوسومي (rRNA). تضمنت الأقراص المدمجة 1261 بروتينًا افتراضيًا و 3311 بروتينًا مع مهام وظيفية. كما حددنا سبعة جينات مفترضة تشارك في مضخة التدفق وتمنح مقاومة للمضادات الحيوية متعددة الأدوية. تم إيداع بيانات الجينوم في NCBI تحت رقم الانضمام JAFBB000000000 وتتكون من بيانات الجينوم ...