A pesar de la representatividad de Potamotrygon magdalenae en Colombia, por encontrarse a lo largo de la cuenca del río Magdalena y sus afluentes, esta raya no ha sido objeto de estudios previos, desconociéndose la mayor parte de sus aspectos bio-ecológicos. Actualmente son capturadas, incidentalmente, por la pesca artesanal que se efectúa en la Ciénaga de Sabayo (Guaimaral, Magdalena), donde no se les da ningún aprovechamiento. Se examinaron 488 individuos de P. magdalenae, capturadas entre octubre 2007 y mayo 2008, empleando chinchorro y trasmallo. Se estimó su captura por unidad de esfuerzo en 1,43 ± 0,37 ind/h, faena para trasmallo y 59,30 ± 9,00 ind/h, para chinchorro y una biomasa 0,38 ± 0,06kg/h y 81,70 ± 13,30kg/h, respectivamente. La talla media de madurez fue 240mm ancho de disco en hembras y 202 en machos; la talla mínima de madurez, se estimó en 164, hembras y 160, machos. El ovario derecho en hembras, se registró con menor desarrollo que el izquierdo, ambos úteros fueron funcionales, conteniendo entre 1 y 5 embriones, los cuales, nacen con tallas entre 87 y 95mm AD. Se registraron 39 estómagos vacíos (14,6%) y 227 con algún contenido (85,3%), siendo Polymitarcidae (55,6%) y sus larvas (30,8%) las de mayor representatividad, indicando que P. magdalenae es una especie bentónica insectívora detritívora.