De Vlaamse Milieumaatschappij volgt de zwemwaterkwaliteit van de 86 Vlaamse zwemwateren op en maakt een beoordeling ervan volgens de Europese zwemwaterrichtlijn 2006/7/EG in samenwerking met het Agentschap Zorg en Gezondheid.Op basis van deze richtlijn wordt het zwemwater ingedeeld in 4 verschillende klassen, namelijk uitstekend, goed, aanvaardbaar of slecht. Deze indeling gebeurt op basis van alle bacteriologische resultaten voor de parameters intestinale enterokokken en E. coli van de afgelopen 4 badseizoenen en geeft dus de gemiddelde zwemwaterkwaliteit weer. Sinds 2011 gebeurt de beoordeling in Vlaanderen volgens deze richtlijn.In 2014 behoorden alle 86 zwemwateren ofwel tot de klasse uitstekend (70) ofwel tot de klasse goed (16). Dit is het beste resultaat sinds deze beoordeling gebruikt wordt. Omdat daarbij andere parameters en een andere beoordelingsmethode gebruikt worden, kunnen deze resultaten moeilijk vergeleken worden met de resultaten van voor 2011, die op basis van de oude Europese zwemwaterrichtlijn 76/160/EEG werden beoordeeld.