Objetivo: durante el periodo agrícola prehispánico (periodos Herrera, Muisca Temprano y Muisca Tardío) los habitantes de la Sabana de Bogotá trasformaron un medio ecológico, inundable y con presencia de lagunas y humedales, en un territorio dinámico, a través de la construcción de un sistema hidráulico de plataformas elevadas para el cultivo, intercaladas por canales para el control de las inundaciones, conocidos como camellones. Con la invasión española y el proceso de colonización se transformó esta forma de construcción de la territorialidad, basada en el manejo del agua, al introducirse una forma diferente de tenencia de la tierra y de producción basada en la ganadería y el cultivo de cereales. El objetivo de esta investigación es establecer hasta qué punto sobrevivieron dichas prácticas agrícolas, en qué espacios de la Sabana y cómo fueron reinterpretadas para integrarse en la nueva realidad de la colonización. Metodología: se llevó a cabo un análisis interdisciplinario, en el cual se integraron datos provenientes de la arqueología, de la paleoecología y de las fuentes documentales de los siglos XVI y XVII. Originalidad: en el presente artículo se discute cómo se dio ese proceso de reestructuración del territorio en la Sabana de Bogotá, desde la perspectiva de los muiscas, en la segunda mitad del siglo XVI, teniendo como eje del análisis el sistema de camellones. Conclusiones: se estableció que el sistema de camellones sobrevivió apenas de forma fragmentaria y en los resguardos, mediante el uso de camellones ajedrezados, que controlaban inundaciones por nivel freático sin requerir grandes canales de drenaje.