Objetivo Estimar la prevalencia de Cryptosporidium spp. y Giardia spp. en terneros de 0 a 2 meses de ganado lechero de la zona noroccidental de la Sabana de Bogotá. Se estimaron los factores de riesgo de la producción lechera que puedan incurrir en la infección de personas y animales. Métodos Estudio de corte transversal, mediante la toma de materia fecal de terneros. Se determinó la prevalencia de punto para Giardia spp. y Cryptosporidium spp. a través los resultados de los coprológicos (Ritchie para Giardia spp. y Ziehl-Neelsen modificada para Cryptosporidium spp.). Se calcularon Odds Ratio para establecer los factores de riesgo asociados entre estos dos géneros de protozoarios y el manejo de las Buenas Prácticas Ganaderas. Resultados Se evaluaron 33 fincas dedicadas a la producción lechera, donde se muestrearon 308 terneros. La prevalencia para Giardia spp. fue de 37,3 %, 115 animales positivos y para Cryptosporidium spp. fue de 4,9 % 15, animales positivos. Conclusión Existe un foco de Giardia spp. y Cryptosporidium spp. en el noroccidente de la Sabana de Bogotá, del cual no se tenía conocimiento previo. La prevalencia de Giardia spp. para la región estudiada, está en el límite alto del rango reportado para Sudamérica. En el caso de Cryptosporidium spp. la situación es distinta, la prevalencia se encuentra en el limite bajo del rango reportado para Sudamérica. Los factores de riesgo asociados a Giardia spp. y Cryptosporidium spp. en las explotaciones lecheras del noroccidente de la Sabana de Bogotá, dependen de Buenas Prácticas Ganaderas.