El departamento de Cundinamarca participa con aproximadamente 27% de la producción de leche en Colombia, con desventajas competitivas en cuanto a la calidad del producto (proteína, grasa y sólidos totales); lo cual influye en su participación en el mercado, ya que las empresas lácteas elaboran sus esquemas de pago basándose en estas características de producción. Debido a esta situación, Corpoica ha implementado programas de mejoramiento basados en la selección asistida por marcadores moleculares. Bajo este esquema, se han encontrado diversos polimorfismos genéticos asociados con características de producción de leche bovina; particularmente, en el exón 4 del gen de β-lactoglobulina, donde se ha descrito una variante asociada con producción de caseínas y grasa. El objetivo del presente estudio fue estimar las frecuencias alélicas y genotípicas de β-lactoglobulina en seis poblaciones Holstein de la sabana de Bogotá, mediante la técnica de PCR-RFLP. Para la genotipificación se amplificó un fragmento de 247 pb, digerido con la enzima de restricción Hae III. Las frecuencias de los alelos A y B encontradas en la población son similares (0,51 y 0,49 respectivamente). Estos valores coinciden con los reportados en ganado Holstein europeo. Sin embargo, la distribución de frecuencias genotípicas varía de las frecuencias reportadas mundialmente para ganado lechero. El principal genotipo encontrado fue el AA (0,35), seguido por el BB (0,31). La distribución de los genotipos y de los alelos en la población fue muy similar, lo cual puede estar relacionado con la falta de implementación de programas de mejoramiento en la sabana de Bogotá.