Objetivo. Determinar los agentes infecciosos asociados causalmente a la presentación de Diarrea Neonatal Bovina (DNB) en terneros menores de 5 semanas de vida, procedentes de fincas lecheras y de producción mixta de la Sabana de Bogotá. Materiales y métodos. Se seleccionaron por conveniencia 21 fincas, se realizó seguimiento de 620 terneros desde el nacimiento hasta las 5 semanas de edad, se tomaron muestras de materia fecal de los animales que presentaron cuadro clínico de diarrea y de terneros clínicamente sanos como controles pareados. Se realizaron pruebas de ELISA para diagnóstico de E.coli F5, Rotavirus, Coronavirus, Cryptosporidium sp., y Salmonella sp., prueba de Ritchie para diagnóstico de Giardia sp., y tinción de Ziehl Neelsen modificada para Cryptosporidium sp. Se evaluó la asociación epidemiológica entre los agentes y la presentación de diarrea usando prueba de c2, seguido de un modelo de regresión logística (p<0.05). Resultados. Se encontró en la prueba de ELISA que de la totalidad de las muestras, 51 (38.3%), 26 (19.7%), 10 (7.5%) y 1 (0.75%) fueron positivas a Cryptosporidium sp., rotavirus, E coli F5 y coronavirus, respectivamente. Los animales positivos a Rotavirus por la prueba de ELISA y a Cryptosporidium sp., por la técnica de Ziehl Neelsen modificada tuvieron 2.6 y 7.0 veces mayor probabilidad que los demás animales de presentar DNB, respectivamente. Conclusiones. Los resultados presentados son los primeros que muestran el papel y la importancia del Cryptosporidium sp., y del Rotavirus en la DNB en las explotaciones ganaderas de la Sabana de Bogotá y en Colombia.