25 Ağustos 1948’de Almanya’nın Berlin eyaletindeki Reinickendorf’ta dindar Katolik bir ailede doğan Harald Motzki, hayatının ilk altı yılını burada geçirdi. Daha sonra ailesiyle birlikte Almanya’nın güneybatısında yer alan Saarland eyaletinin başşehri olan Saarbrücken şehrine taşındı ve orada önce Katolik ilkokuluna, ardından ortaokul ve lise eğitiminin birlikte verildiği hümanist liseye devam etti. Dindar Katolik bir aileden gelen, kilise âyinlerinin müdavimi hatta âyin yardımcısı olan Motzki’nin hümanist öğretinin ön planda olduğu bu kurumda aldığı eğitim, onun hayatında oldukça önemli bir yere sahiptir. Zira burada aldığı hümanist öğretinin etkisiyle ilk defa bu dönemde kiliseye yönelik sorgulamalarda bulunmuştur. Saarland eyaletinin başşehri ve aynı zamanda Fransa ile Almanya sınırında bir şehir olan Saarbrücken’de yaşadığı çok kültürlü hayat ile kendisinin farklı kültürlere yönelik yoğun ilgisi, Motzki’nin bu yıllarında önemli izler bırakmıştır. Tarihe olan merakı sebebiyle gençlik yıllarında Antikçağ, Ortaçağ tarihi, eski Mısır ve başka kültürler hakkında yoğun okumalar yaptı. Özellikle lisede aldığı hümanist eğitimin tesiriyle Yunanistan, Roma ve felsefe hakkında çok kitap okuduğunu belirten Motzki, o dönemde Yunanca, Latince ve Fransızca da bilmekteydi. 1968 yılında tamamladığı lise eğitiminin, aslında onun hem ilgilerinde hem de üniversitedeki bölüm seçiminde etkili olduğu söylenebilir.