Durante la reconstrucción del proceso histórico de la evolución molecular, el análisis de ADN antiguo constituye una pertinente herramienta que posibilita la comprensión de patrones de asentamiento e interacción entre poblaciones. Esta característica fundamenta la importancia de diseñar y mantener procesos estandarizados en cada una de las técnicas involucradas en el análisis de ADN antiguo con el fin de obtener resultados confiables en búsqueda de respuesta a diferentes preguntas planteadas en varias disciplinas. En cuanto a la antropología biológica, los yacimientos arqueológicos por ejemplo son fuente importante de información a cerca de la organización social, cultural y material de las poblaciones ancestrales. En el desarrollo de esta investigación, fueron analizados 22 individuos del hallazgo arqueológico de Tibanica pertenecientes a la población muisca del período tardío, de los cuales fue posible obtener una secuencia de suficiente calidad para análisis en 7 individuos, fue posible establecer relaciones genéticas de acuerdo a su haplogrupo y haplotipo mitocondrial. Adicionalmente fue estandarizado un algoritmo para el procesamiento de muestras de ADN antiguo mediante la depuración experimental de métodos reportados que permitirá a futuros investigadores mejorar la eficiencia de los procesos disminuyendo las intentos ensayo – error. ; During the historical reconstruction of the molecular evolution the ancient DNA analysis is an appropriate tool, that allow us to understand the settlement patterns and interaction between populations. This feature underlies the importance of designing and maintaining standardized the processes of the techniques that are involved in the analysis of ancient DNA. Wich will allow us to obtain reliable results for different questions and in various disciplines. With regard to the biological anthropology, the archaeological sites are important sources of information that tell us about social, cultural and material organization of the ancestral populations. In this investigation ...