Aunque se tienen evidencias como lascas, artefactos líticos y carbón vegetal que sugieren que hace 12.000 años existían humanos en el territorio que hoy comprende la Sabana de Bogotá, no es posible, en estos primeros periodos, definir si estuvo o no presente el bacilo tuberculoso. Los Muiscas llegaron al altiplano cundiboyacense hacia los siglos noveno o decimo de nuestra era desplazando o absorbiendo los grupos agroalfareros de la llamada "Cultura Herrera", quizás provenientes de la costa atlántica venezolana o de las tierras bajas del oriente suramericano. Fueron agricultores que se asociaron en pequeñas poblaciones nucleadas combinadas can granjas dispersas sin que existieran entre estos, grandes centros urbanos. Los principales productos cultivados por los Muiscas fueron maíz, papa, cubios, frijoles, batatas, yuca, arracachas, ají, maní, pifias y algunos frutales.