S. aureus es uno de los patógenos más prevalentes que causa mastitis bovina en el mundo, en parte por la facilidad de adaptarse a varios hospederos y el ambiente. Objetivo: describir los factores ecológicos de las bacterias aisladas con mayor frecuencia en las fincas lecheras de la Sabana de Bogotá y su relación con la red de causación de la mastitis subclínica en la región. Materiales y métodos: a 325 vacas en ordeño de 13 fincas lecheras con ordeño mecánico de la sabana de Bogotá (Colombia) se les realizó CMT, cultivo e identificación microbiológica de leche de cada cuarto, de los pezones, del ambiente y de los trabajadores de las fincas. S. aureus se identificó como el agente etiológico más prevalente en las vacas con mastitis subclínica. A todos los aislados de diferentes fuentes se les realizó análisis proteómico y molecular. Resultados: el 70,1% de las vacas analizadas fueron positivas para CMT. Las especies más frecuentes en la leche fueron: S. aureus (30,2%), estafilococos no aureus - ENA (16,2%) y Streptococcus sp (14,4%). En los pezones: ENA (53,1%), otros cocos Gram positivos (12,1%) y S. aureus (8,9%). En el ambiente: bacilos Gram negativos (31,8%), ENA (27,3%) y otros CGP (22,7%). En los trabajadores: S. aureus (25,0%), S. epidermidis (25,0%) y otros CGP (17,5%). La identificación proteómica y molecular de S. aureus mostró tres clados, cada uno con aislados de todas las fuentes ampliamente distribuidos entre las fincas. Los genes de virulencia de S. aureus: clfA y eno se identificaron en el 41,3% y 37,8% de los aislamientos, respectivamente. Conclusiones: El agente etiológico más prevalente en las fincas lecheras de la Sabana de Bogotá con ordeño mecánico fue S. aureus, el cual presentó amplia diversidad y un alto grado de similitud entre los aislamientos de diferentes origenes, probablemente cepas adaptadas al ambiente y asociadas a la falta de higiene en los animales y los ordeñadores.